후유키 시에서 평범한 유년시절을 보내고 있는 이리야는 양오빠 시로와 함께 살고 있다. 이리야는 평소 마법소녀 애니메이션과 만화를 보고 마법소녀를 동경하며 하루하루를 보내고 있었다. 어느 날 갑자기 찾아온 매지컬 스틱 루비와 만나게 된다. 매지컬 스틱 루비는 자신의 원래 주인이었던 린 토사카 마법사보다 이리야가 더 적합하다고 생각하고 이리야와 계약을 하려고 한다. 매지컬 스틱 루비는 그것을 가지고 있는 사람이 마법 소녀가 될 수 있게 하는 마법 도구이다. 매지컬 스틱 루비를 만난 그날 이리야는 얼떨결에 루비와 계약을 하게 되어 초보 마법소녀가 된다. 매지컬 스틱 사파이어로부터 선택된 경쟁자 미유를 만나게 되고 그 둘은 마법소녀로서 7개의 클래스 카드를 찾아야만 하는 임무가 주어진다. 마법소녀가 된지 얼마 안된 이리야를 향해 수많은 영령들, 그리고 숙명의 라이벌까지 막아 선다. 과연 이리야는 일곱 개의 클래스 카드를 모두 찾아낼 수 있을까?