아라마키에게 스카우트되어 공각기동대로 활동을 시작한 쿠사나기 팀. 그러던 어느 날 외무대신의 통역관 전뇌에 바이러스가 침입한다. 아라마키는 망명 중이던 말레스 대령이 비밀 회담을 방해하려 한다는 걸 감지하고 쿠사나기 팀에게 역탐지를 통해 범인을 추적하라고 지시한다.