타카마치 나노하한테 '유엔 조사기관 EXCEEDS'에 스카우트당한 시이나는 EXCEEDS 총독 야가미 하야테한테 '세상을 구할 방법'을 듣는다. 한편, 뒷세계에선 '마인 사냥꾼'이라고 불리는 위험한 집단이 날뛴다.